地球上的生命千姿百态。从深海到雨林，从微小的昆虫到我们人类自己，演化在漫长的时间里不断造就新的物种、新的器官和新的生活方式。我们课题组想回答的核心问题是：生命的复杂性是如何一步步形成的？驱动这些演变的DNA基础是什么？

围绕这个问题，我们的研究主要沿着三个方向展开。

物种分化与生命之树许多生物类群曾在很短的时间内迅速分化出大量物种。在这种快速辐射过程中，祖先群体中的遗传变异来不及在后代谱系间完全分选，导致亲缘物种的基因组中保留着大量共享的祖先变异，物种间真实的演化关系因此难以分辨。一些看似独立演化而来的相似性状，也可能实际上源自共同祖先。我们利用大规模基因组数据重建生命之树，解析物种多样性形成的历史与机制。

演化新性状与重大演化转变新的器官、新的发育程序等演化新性状（evolutionary novelty）是如何起源的？它们依赖全新遗传元件的出现，还是通过对已有基因调控网络的招募与改造而形成？在少数关键的演化转变中，演化甚至产生了更高层级的生物个体。以蚂蚁为代表的社会性昆虫群体构成"超个体"：大多数个体丧失独立繁殖能力，在群体中承担特化的功能，使整个群体如同一个有机体般运作。我们关注同一套基因组如何通过不同的发育程序产生形态与功能高度分化的品级，以及超个体在不同类群中的多次独立起源是否依赖相同的遗传调控机制。

演化医学：人类的健康与疾病演化视角同样是理解人类健康与疾病的关键。遗传冲突、不同性状之间的权衡（trade-off）、现代生活方式与人类长期适应的祖先环境之间的失配（mismatch），以及自然选择在不同人群中留下的差异化印记，共同塑造了人类对疾病的易感性。我们不仅希望解释人类为何会患病，更希望从演化的时间尺度重新认识和定义疾病。

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