现存鸟类中的大多数目，都在约6600万年前白垩纪末大灭绝前后的一轮快速分化中形成。这使鸟类成为物种最丰富的脊椎动物类群之一，也让鸟类系统发育关系极难厘清。万种鸟类基因组计划（B10K）旨在为全部约10,500种现存鸟类建立参考基因组。2014年《Science》专刊发表了基于目级取样的首个基因组尺度鸟类系统发育树；随后两篇发表于《Nature》的论文（2020、2024）将覆盖范围扩展至科级，迄今最完整地解析了鸟类生命之树的深层分支。目前，项目正继续向属级覆盖推进。项目已收集超过5,000个鸟类基因组，并与全球科研界共享，支持的研究远超系统基因组学，还包括濒危物种保护基因组学、发声学习与认知的演化、极端环境适应、历史与当代气候变化下的生物地理响应，以及失去飞行能力和食性特化等趋同性状的基因组基础。

B10K项目官网：b10k.com

从独居到超个体的转变是演化史上的重大转变之一，但其基因组基础仍知之甚少。蚂蚁是超个体昆虫中规模最大、类群最多的一支，过去却缺乏广泛的基因组覆盖。全球蚂蚁基因组联盟（GAGA）正在沿蚂蚁系统发育树建立综合基因组资源，以追踪复杂社会性多次独立起源过程中基因组架构如何重塑，并识别决定品级与劳动分工的基因和调控网络。首项重要分析发表于《Cell》（2025），重建了蚂蚁的适应性辐射，并将基因组变化与超个体性状的演化联系起来。

灵长类是人类最近的亲缘类群，也是研究人类演化与疾病的天然体系。灵长类基因组计划于2018年启动，汇集全球50多个机构的合作者，目标是测序全部约520种现存灵长类。2023年6月《Science》专刊发表了首批重要成果，覆盖全部16个灵长类科中的233个物种，并探讨灵长类基因组演化速率、不完全谱系分选、人类特有的基因组创新及其医学意义等问题。目前，项目正在扩大物种覆盖，并利用这些基因组研究性染色体演化、突变率差异和灵长类特有性状的遗传基础。

灵长类基因组计划研究成果：Science 专刊

人类参考基因组是单一共识序列，无法呈现影响疾病风险、药物反应和适应性差异的结构变异及人群特异变异。亚洲泛基因组计划（APG）正在亚洲不同人群中，以群体规模组装完整的单倍型分辨基因组，构建能够反映本地区完整人类遗传多样性的泛基因组资源。该资源将支持在单碱基分辨率上重建演化历史，追踪自然选择、古人类基因渗入和人口史事件如何塑造当代表型与疾病差异。

APG项目官网：genome.zju.edu.cn

我们参与脊椎动物基因组计划（VGP），该计划旨在为约70,000种脊椎动物建立无错误参考基因组；也参与地球生物基因组计划（EBP），该计划协调全球范围内对所有真核生物进行测序的工作。这些计划提供了重要的基础资源，也与我们的研究相互支持。